Preview

Онкогематология

Расширенный поиск

Использование программного обеспечения Minor Variant Finder для выявления и количественного определения уровня аллельной нагрузки соматических мутаций при онкогематологических заболеваниях

https://doi.org/10.17650/1818-8346-2020-15-2-85-91

Полный текст:

Аннотация

Введение. Известно, что при использовании секвенирования по Сэнгеру для анализа соматических мутаций возникают проблемы, связанные как с количественной оценкой уровня аллельной нагрузки мутантного гена, так и с интерпретацией результатов в образцах ДНК с уровнем аллельной нагрузки менее 15–20 %. Компанией Applied Biosystems (США) было разработано новое программное обеспечение Minor Variant Finder, позволяющее определять мутации с уровнем аллельной нагрузки от 5 %.

Цель исследования – определение уровня аллельной нагрузки и выявление малопроцентных вариантов соматических мутаций в генах ASXL1, JAK2 и в онкогене BCR-ABL с помощью программного обеспечения Minor Variant Finder у пациентов с миелопролиферативными новообразованиями.

Материалы и методы. После анализа точечных соматических мутаций в генах ASXL1, JAK2 и онкогене BCR-ABL для 15 пациентов с миелопролиферативными новообразованиями (5 ASXL1-положительных, 9 JAK2-положительных и 1 BCR-ABL-положительный) была проведена оценка уровня аллельной нагрузки выявленных мутаций с помощью программного обеспечения Minor Variant Finder. Использовали биологические образцы с ранее выявленными мутациями. В частности, мутации в гене ASXL1 и в онкогене BCR-ABL выявлены с помощью секвенирования по Сэнгеру, а мутации в гене JAK2 – более чувствительными методами: пиросеквенированием и полимеразной цепной реакцией в режиме реального времени.

Результаты. При использовании программного обеспечения Minor Variant Finder уровень аллельной нагрузки во всех 5 ASXL1-положительных образцах и BCR-ABL-положительном образце был определен как выше 20 %. При анализе 9 JAK2-положительных образцов уровень аллельной нагрузки в 2 случаях был выше 20 % и в 7 случаях ниже 20 %.

Заключениие. Программное обеспечение Minor Variant Finder может быть использовано для оценки уровня аллельной нагрузки и выявления малопроцентных вариантов соматических мутаций в генах ASXL, JAK2 и BCR-ABL.

Об авторах

Т. Н. Субботина
ФГАОУ ВО «Сибирский федеральный университет»; ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

Татьяна Николаевна Субботина

660041 Красноярск, Свободный проспект, 79, 

660037 Красноярск, ул. Коломенская, 26

 



И. Е. Маслюкова
ФГАОУ ВО «Сибирский федеральный университет»
Россия

660041 Красноярск, Свободный проспект, 79



А. А. Фалеева
ФГАОУ ВО «Сибирский федеральный университет»; ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

660041 Красноярск, Свободный проспект, 79, 

660037 Красноярск, ул. Коломенская, 26



П. А. Николаева
ФГАОУ ВО «Сибирский федеральный университет»; ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

660041 Красноярск, Свободный проспект, 79, 

660037 Красноярск, ул. Коломенская, 26



А. С. Хазиева
КГБУЗ «Краевая клиническая больница»
Россия

660022 Красноярск, ул. Партизана Железняка, 3а



Е. А. Дунаева
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия

111123 Москва, ул. Новогиреевская, 3а



К. О. Миронов
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия

111123 Москва, ул. Новогиреевская, 3а



Л. Б. Полушкина
ФГБУ «Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

191024 Санкт-Петербург, ул. 2-Советская, 16



И. С. Мартынкевич
ФГБУ «Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

191024 Санкт-Петербург, ул. 2-Советская, 16



С. В. Верещагина
ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

660037 Красноярск, ул. Коломенская, 26



Б. В. Баранкин
ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России»
Россия

660037 Красноярск, ул. Коломенская, 26



Список литературы

1. Vannucchi A.M., Guglielmelli P. Molecular pathophysiology of Philadelphia – negative myeloproliferative disorders: beyond JAK2 and MPL mutations. Haematologica 2008;93(7):972–6. DOI: 10.3324/haematol.13266.

2. Иконникова А.Ю., Яценко Ю.Е., Кременецкая О.С. и др. Определение мутаций гена BCR-ABL при хроническом миелолейкозе с использованием биочипа. Молекулярная биология 2016;50(3):412–6. DOI: 10.7868/S0026898416020087.

3. Ogino S., Kawasaki T., Brahmandam M. et al. Sensitive sequencing method for KRAS mutation detection by pyrosequencing. J Mol Diagn 2005;7(3):413–21. DOI: 10.1016/S1525-1578(10)60571-5.

4. Schreiber E.H., Leong H., Schneider S.J. Minor Variant Finder: New software for detecting somatic mutations at low level in Sanger sequencing traces. Am Assoc Cancer Res 2016;76(14):5269. DOI: 10.1158/1538-7445.AM2016-5269.

5. Zhuo Z., Lamont S.J., Abasht B. RNA-Seq Analyses identify frequent allele specific expression and no evidence of genomic imprinting in specific embryonic tissues of chicken. Sci Rep 2017;7(1):11944. DOI: 10.1038/s41598-017-12179-9.

6. Bessis D., Plaisancie J., Gaston V., Bieth E. Fibroblast growth factor receptor 3 epidermal naevus syndrome with urothelial mosaicism for the activating p.Ser249Cys FGFR3 mutation. Acta Derm Venereol 2017;97(3):402–3. DOI: 10.2340/00015555-2554.

7. Chen J., Hong Z., Zhao C. et al. Associations between polymorphisms of the PDLIM4 gene and susceptibility to osteoporotic fracture in an elderly population of Han Chinese. Biosci Rep 2019;39(1):20181505. DOI: 10.1042/BSR20181505.

8. Beretti F., Bertoni L., Farnetani F. et al. Melanoma types by in vivo reflectance confocal microscopy correlated with protein and molecular genetic alterations: a pilot study. Exp Dermatol 2019;28(3):254–60. DOI: 10.1111/exd.13877.

9. Jackson S., Gerstner A., Varma K. A capillary electrophoresis-sequencing based screening solution for identifying and quantifying hotspot mutations in solid tumors. Eur J Cancer 2016;61(1):156–7. DOI: 10.1016/S0959-8049(16)61553-8.

10. Меликян А.Л., Ковригина А.М., Суборцева И.Н. и др. Национальные клинические рекомендации по диагностике и терапии Ph-негативных миелопролиферативных заболеваний (истинная полицитемия, эссенциальная тромбоцитемия, первичный миелофиброз). Гематология и трансфузиология 2018;63(3):275–315. DOI: 10.25837/HAT.2019.51.88.001.

11. Vannucchi A.M., Lasho T.L., Guglielmelli P. et al. Mutations and prognosis in primary myelofibrosis. Leukemia 2013;27(9):1861–9. DOI: 10.1038/leu.2013.119.

12. Sorigué M., Ribera J.M., García O. et al. Highly variable mutational profile of ASXL1 in myelofibrosis. Eur J Haematol 2016;97(4):331–6. DOI: 10.1111/ejh.12731.

13. Catalogue of somatic mutations in cancer. Available by http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic.

14. Soverini S., Abruzzese E., Bocchia M. et al. Next-generation sequencing for BCR-ABL1 kinase domain mutation testing in patients with chronic myeloid leukemia: a position paper. J Hematol Oncol 2019;12(1):131. DOI: 10.1186/s13045-019-0815-5.

15. Larsen T.S., Christensen J.H., Hasselbalch H.C. et al. The JAK2 V617F mutation involves B- and T-lymphocyte lineages in a subgroup of patients with Philadelphia-chromosome negative chronic myeloproliferative disorders. Br J Haematol 2007;136(5):745–51. DOI: 10.1111/j.1365-2141.2007.06497.x.

16. Дунаева Е.А., Миронов К.О., Дрибноходова О.П. и др. Количественное определение мутации V617F в гене JAK2 методом пиросеквенирования. Клиническая лабораторная диагностика 2014;59(11):60–3.

17. Wu Z., Zhang Y., Zhang X. et al. A multiplex snapback primer system for the enrichment and detection of JAK2 V617F and MPL W515L/K mutations in Philadelphia-negative myeloproliferative neoplasms. Biomed Res Int 2014;2014:458457. DOI: 10.1155/2014/458457.


Для цитирования:


Субботина Т.Н., Маслюкова И.Е., Фалеева А.А., Николаева П.А., Хазиева А.С., Дунаева Е.А., Миронов К.О., Полушкина Л.Б., Мартынкевич И.С., Верещагина С.В., Баранкин Б.В. Использование программного обеспечения Minor Variant Finder для выявления и количественного определения уровня аллельной нагрузки соматических мутаций при онкогематологических заболеваниях. Онкогематология. 2020;15(2):85-91. https://doi.org/10.17650/1818-8346-2020-15-2-85-91

For citation:


Subbotina T.N., Maslyukova I.E., Faleeva A.A., Nikolaeva P.A., Khazieva A.S., Dunaeva E.A., Mironov K.O., Polushkina L.B., Martynkevich I.S., Vereshchagina S.V., Barankin B.V. Using the Minor Variant Finder software to identify and quantify the allelic burden level of somatic mutations in oncohematologic diseases. Oncohematology. 2020;15(2):85-91. (In Russ.) https://doi.org/10.17650/1818-8346-2020-15-2-85-91

Просмотров: 78


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1818-8346 (Print)
ISSN 2413-4023 (Online)