Preview

Онкогематология

Расширенный поиск

Сравнительный анализ ме тодов генотипирования минорных антигенов гистосовместимости

https://doi.org/10.17650/1818-8346-2016-11-2-40-50

Полный текст:

Аннотация

Для определения различий донора и реципиента по минорным антигенам гистосовместимости при трансплантации могут быть использованы разнообразные подходы. В настоящей работе нами был проведен сравнительный анализ методов генотипирования, основанных на полимеразной цепной реакции (ПЦР), для четырех минорных антигенов. Три метода: аллель-специфичная ПЦР, анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов и ПЦР в реальном времени с использованием зондов TaqMan продемонстрировали 100% достоверность результатов генотипирования при сравнении с секвенированием по Сэнгеру для всех изученных полиморфизмов. Метод анализ кривых плавления оказался неприменимым для генотипирования одного минорного антигена (HA-1), имеющего сцепленный синонимичный полиморфизм. Полученная информация может быть использована при выборе метода для крупномасштабного генотипирования в клинической практике.

Об авторах

А. С. Вдовин
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4
Россия


А. М. Постовская
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4 ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»; Россия, 119991, Москва, ул. Ленинские Горы, 1
Россия


Н. А. Быкова
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4
Россия


Д. С. Романюк
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4
Россия


А. Х. Алиева
ФГБУН «Институт молекулярной генетики Российской академии наук»; Россия, 123182, Москва, площадь академика И. В. Курчатова, 2
Россия


П. Р. Ефимова
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4 ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»; Россия, 119991, Москва, ул. Ленинские Горы, 1
Россия


С. А. Шитиков
ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»; Россия, 119991, Москва, ул. Ленинские Горы, 1
Россия


У. Л. Джулакян
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4
Россия


Г. А. Ефимов
ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России; Россия, 125167, Москва, Новый Зыковский проезд, 4
Россия


Список литературы

1. Talmadge J. E. Hematopoietic stem cell graft manipulation as a mechanism of immunotherapy. Int Immunopharmacol. 2003;3(8):1121–43. DOI: 10.1016/S1567– 5769(03) 00014–6; PMID: 12860168.

2. Marsh S. G. and WHO Nomenclature Committee for Factors of HLA System. System, nomenclature for factors of the HLA system, update December 2015. HLA, 2016;87(2):126– 30 DOI: 10.1111/tan. 12745; PMID: 26889910.

3. Felix N. J., Allen P. M. Specificity of T-cell alloreactivity. Nat Rev Immunol. 2007;7(12):942– 53. DOI: 10.1038/nri2200; PMID: 18007679.

4. Goulmy E., Termijtelen A., Bradley B. A., van Rood J. J. Alloimmunity to human H-Y. Lancet 1976;2(7996):1206. PMID: 63036.

5. den Haan J. M., Sherman N. E., Blokland E. et al. Identification of a graft versus host disease-associated human minor histocompatibility antigen. Science 1995;268(5216):1476– 80. PMID: 7539551.

6. Ефимов Г. А., Вдовин А. С., Григорьев А. А. и др. Иммунобиология острой реакции «трансплантат против хозяина. Медицинская иммунология 2015;17(6):499–516. [EfimovG. A., Vdovin A.S., Grigoryev A.A. et al. Immunobiology of acute graft-versus-host disease. Meditsinskaya immunologiya = Medical immunology 2015;17(6):499–516 (In Russ.)]. DOI:10.157 89/1563‑0625‑2015‑6‑499‑516.

7. Murata M., Warren E. H., Riddell S. R. A human minor histocompatibility antigen resulting from differential expression due to a gene deletion. J Exp Med. 2003;197(10): 1279–89. DOI: 10.1084/jem. 20030044; PMID: 12743171.

8. Griffioen M., van Bergen C. A., Falkenburg J. H. Autosomal minor histocompatibility antigens: how genetic variants create diversity in immune targets. Front Immunol. 2016;7:100. DOI: 10.3389/ fimmu. 2016.00100; PMID: 27014279.

9. Быкова Н. А., Малько Д. Б., Вдовин А.С., Ефимов Г. А. In silico анализ иммуногеннного потенциала однонуклеотидных полиморфизимов при полностью HLA- совместимой трансплантации. Российский иммунологический журнал 2016; 10(19)(1):39–49. [Bykova N. A., Malko D. B., Vdovin A. S., Efimov G. A. In silico analysis of single nucleotide polymorphism immunogenic potential in fully HLAmatched transplantation. Rossiiskii immunologicheskii zhurnal = Russian Immunology Journal 2016; 10(19)(1): 39–49 (In Russ.)].

10. Granados D. P., Sriranganadane D., Daouda T. et al. Impact of genomic polymorphisms on the repertoire of human MHC class I-associated peptides. Nat Commun. 2014;5:3600. DOI: 10.1038/ncomms4600; PMID: 24714562.

11. Li J. M., Giver C. R., Lu Y. et al. Separating graft-versus-leukemia from graftversus- host disease in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. Immunotherapy 2009;1(4): 599–621. DOI: 10.2217/imt. 09.32; PMID: 20191089.

12. Wilke M., Poo J., den Haan J. M., Goulmy E. Genomic identification of the minor histocompatibility antigen HA-1 locus by allele-specific PCR. Tissue Antigens 1998;52(4):312–7. PMID: 9820596.

13. Wilke M., Pool J., Goulmy E. Allele specific PCR for the minor Histocompatibility antigen HA-2. Tissue Antigens 2002;59(4):304–7. PMID: 12135429.

14. Spierings E., Brickner A. G., Caldwell J. A. et al. The minor histocompatibility antigen HA- 3 arises from differential proteasomemediated cleavage of the lymphoid blast crisis(Lbc) oncoprotein. Blood 2003;102(2):621–9. DOI: 10.1182/ blood-2003‑01‑0260; PMID: 12663445.

15. Simsek M., Adnan H. Effect of single mismatches at 3’-end of primers on polymerase chain reaction. J Sci Res Med Sci 2000;2(1):11–4. PMID: 24019700.

16. Spierings E., Drabbels J., Hendriks M. et al. A uniform genomic minor histocompatibility antigen typing methodology and database designed to facilitate clinical applications. PLoS One 2006;1: e42. DOI: 10.1371/journal. pone. 0000042; PMID: 17183671.

17. Saiki R. K., Scharf S., Faloona F. et al. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 1985;230(4732):1350–4. PMID: 2999980.

18. Krypuy M., Newnham G. M., Thomas D. M. et al. High resolution melting analysis for the rapid and sensitive detection of mutations in clinical samples: KRAS codon 12 and 13 mutations in non-small cell lung cancer. BMC Cancer 2006;6:295. DOI: 10.1186/1471‑2407‑6‑295; PMID: 17184525.

19. Gundry C. N., Vandersteen J. G., Reed G. H. et al. Amplicon melting analysis with labeled primers: a closed-tube method for differentiating homozygotes and heterozygotes. Clin Chem. 2003;49(3):396– 406. PMID: 12600951.

20. Turpeinen H., Volin L., Partanen J. Domestic and foreign donor candidates result in differential probability of matching minor histocompatibility antigens–relevance of selection for hematopoietic stem celltransplantation. Tissue Antigens 2009;73(3):236–41. DOI: 10.1111/j. 1399– 0039.2008.01210. x; PMID: 19254253.

21. Di Terlizzi S., Zino E., Mazzi B. et al. Therapeutic and diagnostic applications of minor histocompatibility antigen HA-1 and HA-2 disparities in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation: a survey of different populations. Biol Blood Marrow Transplant 2006;12(1):95–101. DOI: 10.1016/j. bbmt. 2005.09.017; PMID: 16399573.

22. Ryazantsev D. Y., Rogozhin E. A., Dimitrieva T. V. et al. A novel hairpin-like antimicrobial peptide from barnyard grass (Echinochlo acrusgalli L.) seeds: structurefunctional and molecular-genetics characterization. Biochimie 2014;99:63–70. DOI: 10.1016/j. biochi. 2013.11.005; PMID: 24275143.

23. Untergasser A., Cutcutache I., Koressaar T. et al. Primer3 – new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Res 2012;40(15): e115. DOI: 10.1093/nar/gks596; PMID: 22730293.


Для цитирования:


Вдовин А.С., Постовская А.М., Быкова Н.А., Романюк Д.С., Алиева А.Х., Ефимова П.Р., Шитиков С.А., Джулакян У.Л., Ефимов Г.А. Сравнительный анализ ме тодов генотипирования минорных антигенов гистосовместимости. Онкогематология. 2016;11(2):40-50. https://doi.org/10.17650/1818-8346-2016-11-2-40-50

For citation:


Vdovin A.S., Postovskaya A.M., Bykova N.A., Romaniuk D.S., Alieva A.K., Yefimova P.R., Sheetikov S.A., Julhakyan H.L., Efimov G.A. Comparative analysis of minor histocompatibility antigens genotyping methods. Oncohematology. 2016;11(2):40-50. (In Russ.) https://doi.org/10.17650/1818-8346-2016-11-2-40-50

Просмотров: 320


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1818-8346 (Print)
ISSN 2413-4023 (Online)