Микрофлора ротовой полости де тей с онкогематологическими заболеваниями
https://doi.org/10.17650/1818-8346-2015-10-2-51-57
Аннотация
Целью работы было комплексное изучение микрофлоры ротовой полости здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями, основанное на исследовании состава смешанных микробных биопленок, выделении и идентификации новых, ранее неизвестных микроорганизмов. Материал для исследования получен у детей в возрасте от 2 до 10 лет с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии и в группе сравнения у учеников школ и воспитанников детских садов г. Санкт-Петербурга. В работе использованы микробиологические, биохимические и молекулярно-генетические методы исследования, включая электронную микроскопию, протеомный анализ, секвенирование и аннотацию полного генома. Из смешанных микробных биопленок, полученных из слюны здоровых и больных детей, выделили в виде чистых культур и идентифицировали по биохимической активности представителей 23 родов микроорганизмов. В микрофлоре детей с онкогематологическими заболеваниями выявлен неизвестный ранее вид стрептококков с большим числом генов антибиотикоустойчивости и патогенности. Выявлены различия в составе микробиоты ротовой полости здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии. Микробиота детей с онкогематологическими заболеваниями содержит больше генов, контролирующих антибиотикоустойчивость. Также в ее составе обнаружены ранее неизвестные бактерии рода Streptococcus.
Ключевые слова
онкогематологические заболевания,
дети,
микробиота,
ротовая полость,
неизвестные ранее бактерии,
биопленки
Об авторах
М. Ф. Вечерковская
ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова» Минздрава России; 197022, Россия, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, 6–8
Россия
Россия
Г. В. Тец
ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова» Минздрава России; 197022, Россия, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, 6–8
Россия
Россия
Б. В. Афанасьев
ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова» Минздрава России; 197022, Россия, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, 6–8
Россия
Россия
В. В. Тец
ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова» Минздрава России; 197022, Россия, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, 6–8
Россия
Россия
Список литературы
1. Sommer F., Bäckhed F. The gut microbiota – masters of host development and physiology. Nat Rev Microbiol 2013;11:227–38.
2. Epstein S. Microbiology monographs. Springer Berlin Heidelberg, 2009. Pp. 10, 131–159.
3. Zaura E., Keijser B. J.F., Huse S. M., Crielaard W. Defining the healthy “core microbiome” of oral microbial communities. BMC Microbiol 2009;9:259.
4. David B., Richard C. Bergey, s Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 1–5. Springer, 2012.
5. Altschul S. F., Gish W., Miller W. et al. Basic local alignment search tool. J Mol Biol 1990;215:403–10.
6. Larkin M. A., Blackshields G., Brown N. P. et al. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 2007;23:2947–4.
7. Миллер Д. Эксперименты в молекулярной генетике. М.: Мир, 1976. 440 с. [Miller D. Experiments in molecular genetics. M.: Mir, 1976. 440 p. (In Russ.)].
8. Frank J. A., Reich C. I., Sharma S. et al. Critical evaluation of two primers commonly used for amplification of bacterial 16S rRNA genes. Appl Environ Microbiol 2008;74:2461–70.
9. Wright E. S., Yilmaz L. S., Noguera D. R. DECIPHER, a search-based approach to chimera identification for 16S rRNA sequences. Appl Environ Microbiol 2012;78:717–25.
10. Edgar R. C., Haas B. J., Clemente J. C. et al. UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics 2011;27:2194–200.
11. Wiley E. O., Lieberman B. S. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons Inc., 2011.Available at http://www.wiley.com.
12. Ludwig W., Strunk O., Westram R. et al. ARB: a software environment for sequence data. Nucleic Acids Res 2004:32:1363–71.
13. Guindon S., Dufayard J. F., Lefort V. et al. New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0. Syst Biol 2010;59:307–21.
14. Zerbino D. R. Using the Velvet de novo assembler for short-read sequencing technologies. Curr Protoc Bioinformatics 2010; chapter 11, unit 11.5.
15. Darling A. E., Mau B., Perna N. T. ProgressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement. PLoS ONE 2010;5:e11147.
16. Aziz R. K., Bartels D., Best A. A. et al. The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 2008;9:75.
17. Besemer J., Lomsadze A., Borodovsky M. GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions. Nucleic Acids Res 2001;29:2607–18.
18. Nawrocki E. P., Eddy S. R. Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches. Bioinformatics 2013;29:2933–5.
19. Burge S. W., Daub J., Eberhardt R. et al. Rfam 11.0: 10 years of RNA families. Nucleic Acids Res 2013;41: D226–32.
20. Finn R. D., Bateman A., Clements J. et al. Pfam: the protein families database. Nucleic Acids Res 2014;42:D222–30.
21. UniProt Consortium. Activities at the Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Res 2014;42:D191–8.
22. Eaton J. W., Bateman D., Hauberg S. A high-level interactive language for numerical computations (gnu.org, 2011).
23. Tetz V. V. Colony-like communities of bacteria. Microbios 1994;80:63–5.
24. Tetz V. V. Formation and structure of mixed bacterial communities. APMIS 1999;107:645–54.
25. Morales D. K., Hogan D. A. Candida albicans interactions with bacteria in the context of human health and disease. PLoS Pathog 2010;6:e1000886.
26. Molin S., Tolker-Nielsen T. Gene transfer occurs with enhanced efficiency in biofilms and induces enhanced stabilisation of the biofilm structure. Curr Opin Biotechnol 2003;14:255–61.
27. Reichmann P., Nuhn M., Denapaite D. et al. Genome of Streptococcus oralis strain Uo5. J Bacteriol 2011;193: 2888–9.
28. Denapaite D., Brückner R., Nuhn M. et al. The genome of Streptococcus mitis B6 – what is a commensal? PLoS One 2010;5:e9426.
29. Hoskins J., Alborn W. E. Jr, Arnold J. et al. Genome of the bacterium Streptococcus pneumoniae strain R6. J Bacteriol 2001;183:5709–17.
30. Shahinas D., Tamber G. S., Arya G. et al. Whole-genome sequence of Streptococcus pseudopneumoniae isolate IS7493. J Bacteriol 2011;193:6102–3.
31. Chen T., Yu W. H., Izard J. et al. The Human Oral Microbiome Database: a web accessible resource for investigating oral microbe taxonomic and genomic information. Database (Oxford), 2010; baq013.
32. Schmitt B. H., Cunningham S. A., Dailey A. L. et al. Identification of anaerobic bacteria by Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry with on-plate formic acid preparation. J Clin Microbiol 2013;51:782–6.
33. Bergey, s Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 3: The Firmicutes. Springer, 2009.
Рецензия
Для цитирования:
Вечерковская М.Ф., Тец Г.В., Афанасьев Б.В., Тец В.В. Микрофлора ротовой полости де тей с онкогематологическими заболеваниями. Онкогематология. 2015;10(2):51-57. https://doi.org/10.17650/1818-8346-2015-10-2-51-57
For citation:
Vecherkovskaya M.F., Tets G.V., Afanasiev B.V., Tets V.V. Oral microflora in children with hematologic malignancies. Oncohematology. 2015;10(2):51-57. (In Russ.) https://doi.org/10.17650/1818-8346-2015-10-2-51-57
Просмотров:
10070
Послать статью по эл. почте 