Результаты определения соматических мутаций в различных генах у больных хроническим миелолейкозом

Введение. Соматические мутации в различных генах у больных хроническим миелолейкозом (МЛ) рассматриваются как возможные факторы неудачи терапии ингибиторами тирозинкиназ (ИТ), поэтому изучение их особенностей представляет интерес.

Цель исследования – оценить молекулярно-генетический профиль клеток крови у больных МЛ, используя метод высокопроизводительного секвенирования.

Материалы и методы. Ретроспективное исследование проводилось в 2 группах пациентов: группа 1 с неудачей терапии ИТ (n = 29) и группа 2 с оптимальным ответом на лечение ИТ (n = 29). Таргетная панель для высокопроизводительного секвенирования включала 19 генов: ASXL1, DNMT3A, FLT3, IDH1, IDH2, NPM1, RUNX1, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF2, KIT, WT1, CEBPA, ZRSR2, JAK2, GATA2, ABL1. Для оценки динамики клонов исследовали дополнительные биообразцы в ретроспективной точке, в наиболее приближенное к этапу первичной диагностики МЛ время.

Результаты. В группе 1 у 19/29 (66 %) пациентов выявлены мутации в 8 генах (включая ABL1). Исключая ABL1, мутации обнаружены у 15 (52 %) пациентов. 9 (31 %) пациентов выявлялось >1 мутации (от 2 до 4). Частота встречаемости мутаций в генах в группе 1: ABL1 – у 11 (38 %) пациентов, ASXL1 – у 9 (31 %), DNMT3A – у 3 (10 %), RUNX1, CEBPA – по 2 (7 %) пациента, WT1, NPM1, TET2 – по 1 (3,5 %) пациенту. 7 (24 %) пациентов встречалось сочетание мутаций в гене ABL1 и в другом гене; наиболее частое сочетание мутаций в генах: ABL1 + ASXL1 – у 4 (14 %) пациентов. Динамика мутантных клонов в группе 1 оценена у 21/29 (72 %) пациентов. 10/21 (48 %) больных соматические мутации в генах появлялись на фоне лечения МЛ, у 14/21 (67 %) ранее выявленные мутации сохранялись, у 1 (5 %) отмечено исчезновение мутации. В группе 2 соматические мутации выявлены у 2/29 (7 %) пациентов: в генах DNMT3A (аллельная нагрузка клона (ariant Allele Frequency, AF) 5 %) и TP53 (AF 9 %) на этапе диагностики МЛ эти мутации не выявлялись. 1 пациента мутация в гене ASXL1 (AF 5 %) выявлена только в ретроспективной точке, на этапе диагностики, и не определялась в последующем, при оптимальном ответе на терапию.

Заключение. Наличие соматических мутаций ассоциировано с резистентным течением МЛ: соматические мутации в различных генах, помимо ABL1, чаще встречались у больных МЛ с неудачей терапии ИТ, чем у больных с оптимальным ответом: 52 % против 7 % (р ≤0,05). Наиболее часто выявлялись мутации в генах ASXL1 (31 %) и DNMT3A (10 %). Частота сочетания мутаций ABL1 и ASXL1 составила 14 %. ри наблюдении в динамике соматические мутации преимущественно персистировали или появлялись со временем у больных МЛ с резистентностью к терапии ИТ.

1. Ren R. Mechanisms of BCRABL in the pathogenesis of chronic myelogenous leukaemia. Nat Rev Cancer 2005;5(3):172–83. DOI: 10.1038/nrc1567

2. Quintá SCardama A., Cortes J. Molecular biology of bcrabl1 positive chronic myeloid leukemia. Blood 2009;113(8):1619–30. DOI: 10.1182/blood200803144790

3. Hoffmann V.S., Baccarani M., Hasford J. et al. The EUTOS populationbased registry: incidence and clinical characteristics of 2904 CML patients in 20 European Countries. Leukemia 2015;29(6):1336–43. DOI: 10.1038/leu.2015.73

4. Hehlmann R. Chronic myeloid leukemia in 2020. Hemasphere 2020;4(5):E468. DOI: 10.1097/HS9.0000000000000468

5. Александрова Т.Н., Мулина И.И., Лямкина А.С. и др. Цитокиновый профиль больных хроническим миелолейкозом. Медицинская иммунология 2024;26(2):329–36. DOI: 10.15789/15630625CPO2851

6. Kustova D., Kirienko A., Motyko E. et al. P660: Nextgeneration sequencing (NGS) for detecting BCR::ABLindependent mutations in patients with chronic myeloid leukemia with resistance to tyrosine kinase inhibitor treatment. Hemasphere 2023;7(S3):e8616465. DOI: 10.1097/01.HS9.0000969544.86164.65

7. Hochhaus A., Baccarani M., Silver R.T. et al. European LeukemiaNet 2020 recommendations for treating chronic myeloid leukemia. Leukemia 2020;34(4):966–84. DOI: 10.1038/s4137502007762

8. Куцев С.И., Вельченко М.В. Значение анализа мутаций гена BCR-ABL в оптимизации таргетной терапии хронического миелолейкоза. Клиническая онкогематология 2008;1(3):190–9.

9. Branford S., Rudzki Z., Walsh S. et al. Detection of BCRABL mutations in patients with CML treated with imatinib is virtually always accompanied by clinical resistance, and mutations in the ATP phosphate-binding loop (Ploop) are associated with a poor prognosis. Blood 2003;102(1):276–83. DOI: 10.1182/blood2002092896

10. Челышева Е.Ю., Шухов О.А., Лазарева О.В. и др. Мутации киназного домена гена BCR-ABL при хроническом миелолейкозе. Клиническая онкогематология 2012;5(1):13–21.

11. Cortes J.E., Talpaz M., Giles F. et al. Prognostic significance of cytogenetic clonal evolution in patients with chronic myelogenous leukemia on imatinib mesylate therapy. Blood 2003;101(10):3794–800. DOI: 10.1182/blood2002092790

12. Виноградова О.Ю., Асеева Е.А., Воронцова А.В. и др. Влияние различных хромосомных аномалий в Phпозитивных клетках костного мозга на течение хронического миелолейкоза при терапии ингибиторами тирозинкиназ. Онкогематология 2012;7(4):24–34. DOI: 10.17650/181883462012742434

13. Branford S., Dong D., Kim H. et al. Laying the foundation for genomicallybased risk assessment in chronic myeloid leukemia behalf of the International CML Foundation Genomics Alliance. Leukemia 2019;33:1835–50. DOI: 10.1038/s413750190512y

14. Sant’Antonio E., Camerini C., Rizzo V. et al. Genetic heterogeneity in chronic myeloid leukemia: how clonal hematopoiesis and clonal evolution may influence prognosis, treatment outcome, and risk of cardiovascular events. Clin Lymphoma Myeloma Leuk 2021;21(9):573–9. DOI: 10.1016/j.clml.2021.04.014

15. Branford S., Fernandes A., Shahrin N.H. et al. Beyond BCR::ABL1 the role of genomic analyses in the management of CML. J Natl Compr Canc Netw 2024;22(1):e237335. DOI: 10.6004/jnccn.2023.7335

16. Shanmuganathan N., Yeung D.T., Wadham C. et al. Additional mutational events at diagnosis of CML confer inferior failure-free survival and molecular response for patients treated with frontline imatinib but not for patients treated with frontline second-generation tyrosine kinase inhibitors. Blood 2022;140(Suppl 1):805–6. DOI: 10.1182/blood2022158743

17. Grossmann V., Kohlmann A., Zenger M. et al. A deep-sequencing study of chronic myeloid leukemia patients in blast crisis (BCCML) detects mutations in 76.9 % of cases. Leukemia 2011;25(3):557–60. DOI: 10.1038/leu.2010.298

18. Branford S., Wang P., Yeung D.T. et al. Integrative genomic analysis reveals cancer-associated mutations at diagnosis of CML in patients with high-risk disease. Blood 2018;132(9):948–61. DOI: 10.1182/blood201802832253

19. Awad S.A., Kankainen M., Ojala T. et al. Mutation accumulation in cancer genes relates to non-optimal outcome in chronic myeloid leukemia. Blood Adv 2020;4(3):546. DOI: 10.1182/bloodadvances.2019000943

20. Mullighan C.G., Miller C.B., Radtke I. et al. BCRABL1 lymphoblastic leukaemia is characterized by the deletion of Ikaros. Nature 2008;453(7191):110–4. DOI: 10.1038/nature06866

21. Ochi Y., Yoshida K., Huang Y.J. et al. Clonal evolution and clinical implications of genetic abnormalities in blastic transformation of chronic myeloid leukaemia. Nat Commun 2021;12(1):2833. DOI: 10.1038/s4146702123097w

22. Mitani K., Nagata Y., Sasaki K. et al. Somatic mosaicism in chronic myeloid leukemia in remission. Blood 2016;128(24):2863–6. DOI: 10.1182/blood201606723494

23. Schmidt M., Rinke J., Schäfer V. et al. Moleculardefined clonal evolution in patients with chronic myeloid leukemia independent of the BCRABL status. Leukemia 2014;28(12):2292–9. DOI: 10.1038/leu.2014.272

24. Kim T.H., Tyndel M.S., Kim H.J. et al. Spectrum of somatic mutation dynamics in chronic myeloid leukemia following tyrosine kinase inhibitor therapy. Blood 2017;129(1):38–47. DOI: 10.1182/blood201604708560

25. Шухов О.А., Туркина А.Г., Челышева Е.Ю. и др. Терапия хронического миелолейкоза согласно современным рекомендациям: результаты пилотного проспективного исследования «Ранняя индукционная терапия и мониторинг» (РИТМ). Клиническая онкогематология 2019;12(2):194–201. DOI: 10.21320/250021392019122194201

26. Туркина А.Г., Кузьмина Е.А., Ломаиа Е.Г. и др. Асциминиб у больных хроническим миелолейкозом, не имеющих альтернативных методов лечения: результаты исследования в рамках программы расширенного доступа МАР (Managed Access Program, NCT04360005) в России. Клиническая онкогематология 2023;16(1):54–68. DOI: 10.21320/2500213920231615468

27. Barton D.E. DNA prep for eukaryotic cells (macrophages)? Available at: http://www.bio.net/bionet/mm/method-sand-reagents/1995July/031231.html

28. Адильгереева Э.П., Никитин А.Г., Жегло Д.Г. и др. Молекулярно-генетические предикторы первичной резистентности хронического миелоидного лейкоза к терапии ингибиторами тирозинкиназ. Вестник гематологии 2021;17(2):45–6.

29. RocheLestienne C., Marceau A., Labis E. et al. Mutation analysis of TET2, IDH1, IDH2 and ASXL1 in chronic myeloid leukemia. Leukemia 2011;25(10):1661–4. DOI: 10.1038/leu.2011.139

30. Ernst T., Busch M., Rinke J. et al. Frequent ASXL1 mutations in children and young adults with chronic myeloid leukemia. Leukemia 2018;32(9):2046–9. DOI: 10.1038/s4137501801572

31. Schönfeld L., Rinke J., Hinze A. et al. ASXL1 mutations predict inferior molecular response to nilotinib treatment in chronic myeloid leukemia. Leukemia 2022;36(9):2242. DOI: 10.1038/s41375022016484

32. Меликян А.Л., Суборцева И.Н. Биология миелопролиферативных новообразований. Клиническая онкогематология 2016;9(3):314–25. DOI: 10.21320/25002139201693314325

33. Branford S., Hochhaus A., Mauro M. et al. Impact of mutations in blood cancerrelated genes on clinical outcomes in chronic myeloid leukemia in chronic phase (CMLCP) after ≥2 tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in the ascembl trial. Blood 2023;142(Suppl 1): 449. DOI: 10.1182/blood2023187636

34. Cross N.C.P., Ernst T., Branford S. et al. European LeukemiaNet laboratory recommendations for the diagnosis and management of chronic myeloid leukemia. Leukemia 2023;37:2150. DOI: 10.1038/s4137502302048y

35. RoeheLestienne C., Deluche L., Corm S. et al. RUNX1 DNAbinding mutations and RUNX1PRDM16 cryptic fusions in BCRABL + leukemias are frequently associated with secondary trisomy 21 and may contribute to clonal evolution and imatinib resistance. Blood 2008;111(7):3735–41. DOI: 10.1182/blood200707102533

36. Döhner H., Estey E., Grimwade D. et al. Diagnosis and management of AML in adults: 2017 ELN recommendations from an international expert panel. Blood 2017;129(4):424. DOI: 10.1182/blood201608733196

37. Смирнихина С.А., Челышева Е.Ю., Лавров А.В. и др. Прогностические генетические маркеры рецидивов хронического миелолейкоза у пациентов после отмены ингибиторов тирозинкиназ. Клиническая онкогематология 2017;10(4):580–1.