Микрочипы: новый этап в развитии онкогематологии
https://doi.org/10.17650/1818-8346-2008-0-1-2-6-12
Аннотация
Появление иммунофенотипирования в 70—80-х годах прошлого века привело к радикальному изменению представлений о гемобластозах, к созданию более совершенной классификации. Новой вехой в развитии медицины, и в частности онкогематологии, стала функциональная геномика. Задача этого раздела молекулярной гематологии — изучение функций новых генов и генных сетей в нормальном развитии и жизнедеятельности тканей, а также при различных заболеваниях. Информация, полученная в ходе расшифровки генома человека, носит статичный характер. Функциональная геномика изучает динамические аспекты функционирования генов, такие как транскрипция, трансляция мРНК, белковые взаимодействия. Одним из методов функциональной геномики является технология биологических микрочипов, позволяющая одновременно анализировать уровень активности тысяч генов в одном эксперименте, причем масштаб измерений может приближаться к геномному. В данном обзоре мы рассматриваем технологию микрочипов, ее клинические приложения и кратко суммируем результаты экспериментов с микрочипами при лимфатических опухолях.
Об авторах
Е. А. Никитин
Гематологический научный центр РАМН
Россия
Россия
Москва
А. Б. Судариков
Гематологический научный центр РАМН
Россия
Россия
Москва
А. В. Баранова
Медико-генетический научный центр РАМН
Россия
Россия
Москва
Список литературы
1. Hanahan D., Weinberg R.A. The hallmarks of cancer.Cell 2000 Jan 7;100(1):57—70.
2. Shaffer A.L., Rosenwald A., Hurt E.M. et al. Signatures of the immune response. Immunity 2001 Sep; 15(3):375—85.
3. Blanchard A.P., Kaiser A.J. and Hood L.E. High-density oligonucleotide arrays. Biosens Bioelectron 1996;11:687.
4. The Microarray Home Page. http://cmgm.stanford.edu/pbrown/aaray.html.
5. Johnston M. Array of hope for understanding gene regulation. Current Biol 1998;8:171—4.
6. Fodor S.P.A., Rava R., Huang X.C. et al. Light-directed, spatially addressable parallel chemical synthesis. Science 1991;251:767—73.
7. McGall G., Labadie J., Brock P. et al. Light-directed synthesis of high-density oligonucleotida arrays using semiconductor photoresist. Proc Natl Acad Sci USA 1996;93:13555—60.
8. Cheng J., Sheldon S.L., Wu L. et.al. Preparation and hybridization analysis of DNA/RNA from E.coli on microfabricated biolelctronic chips. Nat Biotechnol 1998;16:541—6.
9. Guschin D., Yersov G., Zaslavsky A. et al. Manual manufacturing of oligonucleotide, cDNA, and protei microchips. Anal Biochem 1997;250:203—11.
10. Fulton R.J. McDade R.L., Smith P.L. et.al. Advanced multiplexed analysis with FlowMetrix system. Clin Chem 1997;43:1749—56.
11. Chandler V.S., Denton D., Pempsell P. Biomolecular multiplexing of up to 512 assays on a new solid-state 4 color flow analyzer. Cytometry 1998;(9):40.
12. Michael K.L., Taylor L.C., Shultz S.L., Walt D.R. Randomly ordered addressable high-density optical sensor arrays. Anal Chem 1998;70:1242—8.
13. Emmert-Buck M.R., Bonner R.F., Smith P.D., et.al. Laser capture microdissection. Science 1996;274:998—1001.
14. Duggan D.J., Bittner M., Chen Y. et al. Expression profiling using cDNA microarrays. Nature Genet 1999;21:10—4.
15. Lockhart D.J., Dong H., Byrne M.C. et al. Expression monitoring by hybridizaton to high-density oligonucleotide array. Nat Biotechnol 1996;14:1675—80.
16. Thiel A.J., Frutos A.G., Jordan C.E. et al. In situ surface plasmon resonance imaging detection of DNA hybridization to oligonucleotide arrays on gold surfaces. Anal Chem 1997;69:4948—56.
17. Healy B.G., Matson R.S., Walt D.R. Fiberoptic DNA sensor array capable of detecting point mutation. Anal Biochem. 1997;251:270—9.
18. Stimpson D.I., Hoijer J.V., Hsieh W.T. et al. Real time detection of DNA hybridization and melting on oligonucleotide arrays using optical wave guides. Proc Natl Acad Sci USA. 1995;92:6379—83.
19. Eisen M.B., Spellman P.T., Brown P.O. et al. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proc Natl Acad Sci USA 1998;95(25):14863—8.
20. Golub T.R., Slonim D.K., Tamayo P. et al. Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. Science 1999;286(5439):531—7.
21. Rosenwald A., Wright G., Chan W.C., et al. Lymphoma/Leukemia Molecular Profiling Project. The use of molecular profiling to predict survival after chemotherapy for diffuse large-B-cell lymphoma. N Engl J Med 2002;346(25):1937—47.
22. Wiestner A., Rosenwald A., Barry T.S. et al. ZAP-70 expression identifies a chronic lymphocytic leukemia subtype with unmutated immunoglobulin genes, inferior clinical outcome, and distinct gene expression profile. Blood 2003;101(12):4944—51.
23. Wright G., Tan B., Rosenwald A. et al. A gene expression-based method to diagnose clinically distinct subgroups of diffuse large B cell lymphoma. Proc Natl Acad Sci USA. 2003;100(17):9991—6.
24. Yeoh E.J., Ross M.E., Shurtleff S.A. et al. Classification, subtype discovery, and prediction of outcome in pediatric acute lymphoblastic leukemia by gene expression profiling. Cancer Cell 2002;1(2):133—43.
25. Rosenwald A., Wright G., Wiestner A. et al. The proliferation gene expression signature is a quantitative integrator of oncogenic events that predicts survival in mantle cell lymphoma. Cancer Cell 2003;3(2):185—97.
26. Ferrando A.A., Armstrong S.A., Neuberg D.S. et al. Gene expression signatures in MLL-rearranged T-lineage and B-precursor acute leukemias: dominance of HOX dysregulation. Blood 2003;102(1):262—8.
27. Rosenwald A., Alizadeh A.A., Widhopf G. et al. Relation of gene expression phenotype to immunoglobulin mutation genotype in B cell chronic lymphocytic leukemia. J Exp Med 2001;194(11):1639—47.
28. Alizadeh A.A., Eisen M.B., Davis R.E. et al. Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 2000;403(6769):503—11.
29. Shipp M.A., Ross K.N., Tamayo P. et al. Diffuse large B-cell lymphoma outcome prediction by gene-expression profiling and supervised machine learning. Nat Med 2002;8(1):68—74.
30. Zhan F., Tian E., Bumm K. et al. Gene expression profiling of human plasma cell differentiation and classification of multiple myeloma based on similarities to distinct stages of late-stage Bcell development. Blood 2003;101(3):1128—40.
31. Zhan F., Hardin J., Kordsmeier B. et al. Global gene expression profiling of multiple myeloma, monoclonal gammopathy of undetermined significance, and normal bone marrow plasma cells. Blood 2002;99(5):1745—57.
32. Rosenwald A., Wright G., Leroy K. et al. Molecular diagnosis of primary mediastinal B cell lymphoma identifies a clinically favorable subgroup of diffuse large B cell lymphoma related to Hodgkin lymphoma. J Exp Med 2003;198(6):851—62.
Рецензия
Для цитирования:
Никитин Е.А., Судариков А.Б., Баранова А.В. Микрочипы: новый этап в развитии онкогематологии. Онкогематология. 2008;(1-2):6-12. https://doi.org/10.17650/1818-8346-2008-0-1-2-6-12
For citation:
Nikitin Ye.A., Sudarikov A.B., Baranova A.V. Microarrays: a new era in development of oncohematology. Oncohematology. 2008;(1-2):6-12. (In Russ.) https://doi.org/10.17650/1818-8346-2008-0-1-2-6-12
Просмотров:
184
Послать статью по эл. почте 