Background. There are problems related to both quantitative assessment of an allele burden level of a mutant gene and interpretation of results in DNA samples with the burden level of the mutant allele less than 15–20 %, when using Sanger sequencing for analyzing somatic mutations. Applied Biosystems (USA) has developed new software Minor Variant Finder, which allows determining mutations with the allele burden level from 5 %.
The objective: to determine the allele burden level and identification of minor variants of somatic mutations in the ASXL1, JAK2 genes and BCR-ABL oncogene using Minor Variant Finder software in patients with myeloproliferative neoplasms.
Materials and methods. The level of mutant allele burden for 15 patients with myeloproliferative neoplasms was determined by the identified mutations using the Minor Variant Finder software, after analysis of point somatic mutations in the ASXL1, JAK2 genes and BCR-ABL oncogene by Sanger sequencing.
Results. The allele burden level in all 5 ASXL1-positive samples and BCR-ABL-positive sample was determined as higher than 20 % using the Minor Variant Finder software. The allele burden level in 2 cases was higher than 20 % and in 7 cases lower than 20 %, when we analyzed 9 JAK2-positive samples.
Conclusion. Minor Variant Finder software can be used to estimate the allele burden level and to identify minor variants of somatic mutations in the ASXL, JAK2 and BCR-ABL genes.
Введение. Известно, что при использовании секвенирования по Сэнгеру для анализа соматических мутаций возникают проблемы, связанные как с количественной оценкой уровня аллельной нагрузки мутантного гена, так и с интерпретацией результатов в образцах ДНК с уровнем аллельной нагрузки менее 15–20 %. Компанией Applied Biosystems (США) было разработано новое программное обеспечение Minor Variant Finder, позволяющее определять мутации с уровнем аллельной нагрузки от 5 %.
Цель исследования – определение уровня аллельной нагрузки и выявление малопроцентных вариантов соматических мутаций в генах ASXL1, JAK2 и в онкогене BCR-ABL с помощью программного обеспечения Minor Variant Finder у пациентов с миелопролиферативными новообразованиями.
Материалы и методы. После анализа точечных соматических мутаций в генах ASXL1, JAK2 и онкогене BCR-ABL для 15 пациентов с миелопролиферативными новообразованиями (5 ASXL1-положительных, 9 JAK2-положительных и 1 BCR-ABL-положительный) была проведена оценка уровня аллельной нагрузки выявленных мутаций с помощью программного обеспечения Minor Variant Finder. Использовали биологические образцы с ранее выявленными мутациями. В частности, мутации в гене ASXL1 и в онкогене BCR-ABL выявлены с помощью секвенирования по Сэнгеру, а мутации в гене JAK2 – более чувствительными методами: пиросеквенированием и полимеразной цепной реакцией в режиме реального времени.
Результаты. При использовании программного обеспечения Minor Variant Finder уровень аллельной нагрузки во всех 5 ASXL1-положительных образцах и BCR-ABL-положительном образце был определен как выше 20 %. При анализе 9 JAK2-положительных образцов уровень аллельной нагрузки в 2 случаях был выше 20 % и в 7 случаях ниже 20 %.
Заключениие. Программное обеспечение Minor Variant Finder может быть использовано для оценки уровня аллельной нагрузки и выявления малопроцентных вариантов соматических мутаций в генах ASXL, JAK2 и BCR-ABL.